黃教授致力研究炎症性腸病 (IBD)—一個近二十年在香港新增三十倍個案且未可根治的疾病。 她和她的團隊率先界定炎症性腸病的流行病學和潛在致病微生物，解釋了為何在新興工業化國家炎症性腸病會發生海嘯式爆發。她開始領導亞太地區 30個國家研究這種情況，帶來了區域和全球公共衛生的範式轉變。

近年，黃教授開始研究腸道微生物菌群，越來越多研究顯示腸道微生態對人體健康扮演著十分重要的角色。她在糞便樣本中發現了新的細菌特徵，可以準確地及早檢測多種疾病包括大腸癌、自閉症和長新冠。2017年，她成立了亞洲首個微生物移植與研究中心，從健康人士的糞便中抽取有益的微生物移植到病人身上以醫治難辨梭菌感染。 她亦在新冠肺炎的研究方面有多項重要發現 , 並發明了針對新冠肺炎的口服活生物治療製劑, 臨床證實對增強免疫力和舒緩長新冠症狀有幫助。她的多項發明在2022及2023年日內瓦國際發明展中獲獎；2020, 2021及2022年連續三年成為科睿唯安(Clarivate) 最廣獲徵引研究人員。